Pour accompagner la gestion, des suivis des populations de poissons sont nécessaires pour ajuster la gestion courante en fonction des réalités de terrain.

Le suivi piscicole s’articule autour des pêches électriques d’inventaire, des études d'habitats du poisson, des études de lacs et des opérations de suivi des frayères.

Un nombre important de bénévoles s’investit aux côtés des salariés de la fédération pour les pêches électriques. Il s’agit d’un effort important auquel les Associations Agréées et leurs représentants sont prêts à participer.

Le suivi des frayères

Sur les lacs de montagnes, ce sont les agents de la Fédération appuyé ponctuellement de pêcheurs bénévoles qui recensent et suivent les frayères à salmonidés. Au niveau des forêts domaniales, 5 agents de l'ONF travaillent collaborativement avec la Fédération sur ce travail.

Grâce à l’enlèvement de quelques blocs, ou la création de déflecteurs de courant, les truites trouveront les meilleures conditions d’accès aux frayères et un substrat plus favorable à la ponte.

Les pêches électriques

Les pêches électriques sont un outil indispensable de suivi des populations de poissons en rivière. La Fédération pilote deux grandes familles de pêche électriques aux objectif différents : Les pêches de suivi inter annuel comme celle qui sont menées chaque années sur la Rotja et sur le Mantet ou les pêches plus ponctuelles sur des sites où un problème de gestion est rencontré par une AAPPMA.

Dans la pratique, les opérations de pêche s’effectuent avec le matériel de la Fédération et sous l’autorité de son Directeur Technique.

Cinq agents de l’ONF, trois agents de la Fédération et plus de 30 bénévoles spécialement formés se partagent les différentes tâches.